Les URLs de votre forum Kunena se sont pas réécrites avec SH404sef mais avec le système natif de Joomla, c'est pour cette raison que vous ne les trouvez pas.
Le système de redirection natif de Joomla fonctionne plutôt bien, vous pouvez en effet l'utiliser.
Si certaines URLs n'existe plus (erreur 404), que les redirections natives du composant "Redirection" ne fonctionnent pas et qu'il s'agit d'URL absentes de sh404sef, 3 solutions :
- Renvoyer vers une URLs qui n'a rien à voir mais présente dans SH404SEF
- Faire une redirection 301 via le fichier .htaccess (je déconseille)
- Laisser Google supprimer ces URLs tout seul ou le lui demander dans Webmaster Tools.